复旦大学出版社成立于1981年，由复旦大学主办，受教育部和上海市新闻出版局双重管辖。2001年经教育部和新闻出版总署批准，复旦大学出版社与上海医科大学出版社两社合并，成立新的复旦大学出版社，下辖二级社复旦大学电子音像出版社。新的复旦大学出版社有事业编制人员130人，临时聘用人员70余人，年出版新书近400种，重印书600余种，新书、重印书合计近千种。2005年销售码洋达到2.1亿元。

复旦大学出版社是获得国家级图书奖较多的几家出版社之一，被媒体誉为大学出版界的"获奖专业户"。在中国大学出版社中，无论获奖等级还是获奖数量和比例，都名列前茅。20多年来，复旦社已经有300多种图书获得过包括中国图书奖在内的各种奖励500多项。1997年以来，复旦版图书获得省部级以上奖励215项，国家级图书奖9项，其中，《中国思想史》获得第五届国家图书奖提名奖，《旧五代史新辑会证》2006年荣获首届中华优秀出版物奖。2006年，复旦社出版新书470种，重印书560种，获得各项奖励达71项之多，其中，国家级2项，省部级30项，其他39项，是上海出版界获奖最优、最多的单位。复旦社将上海出版界的最重要奖项――"上海出版人奖"的所有奖项囊括其中，成为上海出版界唯一获此殊荣的出版社。在上海市新闻出版局正式发文公布的2005年上海市图书社会效益评估报告中，复旦出版社以93.9的高分名列上海14家大学出版社第一名，在上海所有出版社中名列第三。新华社以"摇钱树不出，为本好书等11年"为题，对复旦社致力于学术出版，重视出版的社会效益的做法给予重点报道，中国新闻出版报、解放日报、文汇报、文汇读书周报等业内外媒体也对复旦社多年来坚持致力于原创性学术著作出版的理念给予广泛报道。

2001年，复旦大学出版社选用校训的开头两字"博学"，在工商部门注册，并将品牌教材统一冠名为"复旦博学"，开创中国大学出版推出图书冠以品牌的先例。由于"复旦博学"教材在书稿的选择上，以原创性、高质量，以名校、名家、名作为追求，使已出版的"复旦博学"教材在中国高校师生中具有良好的声誉。"复旦博学"已推出人文、社科经管、科技、外语、医学等6个系列共计120余种高校教材。其中有5种教材获得国家级教学成果奖，11种获教育部优秀教材奖，37种被选人教育部"十五"国家重点教材规划，150余种入选"十一五"国家级规划教材。年销售超过1万册的已达百种，使"要教材、找复旦，读复旦书、做卓越人"的口号深入人心。